Surveillance de l'infection par le SRAS-CoV-2 chez les mustélidés – – 2021 – EFSA Journal – Championnat d’Europe 2020

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3.2.1 Détections du virus SRAS-CoV-2 dans l'UE / EEE et au Royaume-Uni chez les mustélidés

Au 29 janvier 2021, le SRAS-CoV-2 a été signalé dans 400 élevages de visons destinés à la production de fourrure dans huit pays de l'UE / EEE, à savoir 290 exploitations au Danemark, une en France, 21 en Grèce, une en Italie, deux en Lituanie, 69 aux Pays-Bas, 3 en Espagne et 13 en Suède (Figure 4 et table 1). Des cas sporadiques de SRAS-CoV-2 (virus détectés par réaction en chaîne par transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) ont été enregistrés chez des furets détenus en Slovénie (signalés à l'OIE13) et en Espagne (Gortázar et al., 2021).

La base juridique pour la déclaration de l'infection par le SRAS ‐ CoV ‐ 2 dans l'UE chez les mustélidés et les chiens viverrins est la DÉCISION D'EXÉCUTION (UE) 2020/2183 DE LA COMMISSION établissant certaines mesures de protection relatives à la déclaration de l'infection par le SRAS ‐ CoV ‐ 2 chez les visons et autres animaux de la famille des Mustelidae, ainsi que chez les chiens viverrins qui sont entrés en vigueur le 21 décembre 202014 et selon lequel les États membres soumettent un rapport à la Commission dans les trois jours suivant la première confirmation sur leur territoire de l'infection du vison et des autres animaux de la famille des mustélidés et des chiens viverrins atteints du SRAS-CoV-2.

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Répartition géographique et le nombre de SRAS-CoV-2 foyers signalés dans la ferme de vison en Europe d'Avril 2020-29 Janvier 2021. (Source: OIE3 et les rapports de cas soumis par l'État membre concerné à la Commission européenne.)

Danemark

Au total, 290 des quelque 1 140 élevages de visons ont été signalés avec le SRAS-CoV-2 au Danemark, depuis que le premier cas a été confirmé le 15 juin 2020. En juin, le SRAS-CoV-2 a été détecté chez des visons dans deux autres élevages. De juillet à début août, aucun autre foyer de vison n'a été enregistré. Le 14 août, le premier foyer de la deuxième phase de l'épidémie a été enregistré, avec une lente augmentation du nombre de fermes touchées en août et une forte augmentation à partir de septembre. Jusqu'en octobre, tous les foyers ont été détectés dans des fermes situées dans deux municipalités du nord du Jutland tandis que, à partir de début octobre, des foyers ont commencé à se produire dans les municipalités voisines (Boklund et al., 2021). Au total, 186 fermes infectées ont été détectées dans le nord du Jutland, sept dans le nord-ouest du Jutland, 25 dans le Mid-West Jutland, 15 dans le Mid-Jutland, 37 dans l'ouest du Jutland, 6 dans le sud-ouest du Jutland, 9 dans le sud-est du Jutland, 1 dans le sud du Jutland et 4 sur une île à 40 km du nord du Jutland. Dès la première date d'échantillonnage, une prévalence virale de 100% parmi les visons testés a été observée dans 65% des fermes infectées et dans 45% des fermes où aucun signe clinique d'infection n'a été observé (Boklund et al., 2021). À ce stade du cycle de production, à l'automne, le total de 1 140 fermes de visons danois comprenait un total d'environ 15 millions de visons. Le 4 novembre, il a été décidé d'abattre tous les visons du pays. La plupart des visons ont été abattus et la plupart des fermes ont été fermées, au moins jusqu'à la fin de 2021. Une ou deux fermes de visons restent dans le pays (12 janvier 2021). La nouvelle loi sur la mise à mort et l'interdiction temporaire de détenir des visons entrera en vigueur le 15 janvier 2021. La loi interdit la détention de visons jusqu'au 31 décembre 2021. Aucune nouvelle occurrence de SRAS ‐ CoV ‐ 2 n'a été détectée depuis le 7 décembre 2020 , lorsque l'épidémie la plus récente a été détectée. Les motifs de suspicion étaient: des signes cliniques dans 33% des exploitations, des personnes testées positives dans 24% des exploitations, la surveillance des visons morts dans 32% des exploitations et la recherche des contacts vers les exploitations infectées dans 9% des exploitations. Des souches de SRAS-CoV-2 associées au vison, caractérisées par le changement de protéine de pointe Y453F, ont été initialement observées chez le vison et les humains en juin (Hammer et al., 2020). Presque tous les élevages de visons infectés ont été infectés par des souches variantes associées vison et jusqu'à présent 5 grappes de souches variantes associées vison ont été identifiés. Ces souches se sont répercutées sur la population humaine et se sont propagées dans les communautés. Cependant, après l'abattage des élevages de visons, l'incidence de ces souches dans la population humaine a considérablement diminué (Hammer et al., 2020).

France

Le 20 novembre, l'un des quatre élevages de visons présents en France a été testé positif au SRAS-CoV-2 (OIE15). Sur 4 100 animaux, 180 ont été échantillonnés. Sur ces échantillons, 180 tests sérologiques (ELISA) ont été réalisées avec 174 résultats positifs, et 110 tests virologiques (RT-PCR), avec 33 résultats positifs. Aucun signe clinique d'infection par le SRAS-CoV-2 n'a été signalé dans la ferme infectée. Les résultats provenant de ces autres fermes reproducteurs étaient négatifs (ELISA et / ou séroneutralisation et RT-PCR de oropharyngés).

Grèce

Au 29 janvier 2021, le SRAS-CoV-2 a été détecté dans 21 des 91 élevages de visons présents en Grèce. Le 13 novembre, le premier cas de SRAS-CoV-2 a été confirmé dans un élevage de visons dans la partie nord du pays, dans l'unité régionale de Kozani (région de Macédoine occidentale). La suspicion a été soulevée le 11 novembre par le vétérinaire local en raison de la présence de symptômes respiratoires, d'une consommation alimentaire réduite et d'une mortalité accrue. Par mesure de précaution et sur la base d'une morbidité / mortalité accrue, il a été décidé d'abattre les animaux. Une zone de contrôle d'un rayon de 10 km autour de la ferme touchée, où se trouvaient près de 40 fermes de visons, a été établie. Des restrictions de mouvement et des mesures de biosécurité strictes ont été mises en œuvre dans la zone de contrôle. L'enquête épidémiologique et le séquençage du génome du virus sur des animaux et des humains ont identifié deux membres de la famille travaillant à la ferme, qui ont tous deux été testés positifs pour le SRAS-CoV-2, comme étant l'origine du virus. Dans le même temps, il a été décidé de tester tous les travailleurs / propriétaires pour le SRAS-CoV-2 dans les 91 élevages de visons présents en Grèce et de répéter la procédure de test au moins tous les 7 jours jusqu'à la vaccination de la population humaine en contact direct avec le vison ( personnel de la ferme, propriétaires, vétérinaires) est conclu. Le premier cycle s'est achevé le 13 novembre 2020 et les tests se poursuivent toujours. Entre le 13 novembre et le 3 décembre, 11 foyers supplémentaires de visons positifs au SRAS-CoV-2 ont été détectés. Ils sont tous situés en Macédoine occidentale: cinq à Kozani, quatre à Kastoria et deux dans l'unité régionale de Grevena. Dans 10 de ces 11 fermes, la suspicion a été soulevée après la notification des cas humains confirmés dans le cadre de la surveillance hebdomadaire répétée menée dans tous les travailleurs agricoles de vison / propriétaires. La 11e ferme infectée a été détectée comme le propriétaire l'a observé et a signalé une augmentation de la morbidité et de la mortalité; cependant, dans ce cas également, il y avait un lien avec un cas humain puisque le propriétaire a été testé positif au SRAS-CoV-2. Au total, dans 3 des 11 fermes, une augmentation de la morbidité et de la mortalité a été observée. À ce stade, les informations disponibles indiquent une transmission interhumaine dans la plupart des exploitations, où la présence du SRAS-CoV-2 a été confirmée jusqu'au 3 décembre.

Une analyse de séquençage génétique a été réalisée sur les échantillons positifs détectés pour les variants en positions d'acides aminés trouvés dans les génomes séquencés au Danemark et au Royaume-Uni et discuté dans l'évaluation rapide des risques de l'ECDC (ECDC, 2020a,b,c). À partir de ces mutations, seule la mutation Y453F a été détectée dans les génomes de vison analysés provenant de fermes grecques, ce qui indique que ces variantes ne sont pas liées aux variantes danoises et hollandaises.

Suite à la confirmation des 11 nouveaux foyers, il a été décidé d'arrêter l'abattage des animaux. L'abattage sanitaire et l'élimination officielle des carcasses n'ont été appliqués qu'à la première ferme confirmée mentionnée ci-dessus. Depuis lors, des mesures de biosécurité strictes (par exemple, l'utilisation obligatoire d'un équipement de protection individuelle) et des restrictions de mouvement ont été mises en œuvre dans tous les élevages de visons (pas seulement dans ceux infectés). Du 3 décembre 2020 au 8 janvier 2021, le SRAS-CoV-2 a été confirmé dans neuf autres élevages de visons en Macédoine occidentale. Ceux-ci étaient situés dans les unités régionales de Kozani (5), Kastoria (2) et Grevena (2). Dans quatre de ces exploitations, une augmentation de la morbidité et de la mortalité a été observée. Des mesures de biosécurité améliorées et des protocoles spéciaux sont également mis en œuvre dans les établissements où se déroulent l'écorchage et le séchage des peaux. La période d'écorchage s'est terminée dans la semaine du 6 au 12 décembre. Les animaux provenant d'élevages infectés ont été pelés en dernier, sous surveillance officielle, juste après la fin de l'écorchage de tous les visons d'élevages non infectés. Toutes les peaux crues séchées sont restées stockées pendant au moins 4 semaines à la température ambiante la plus élevée possible. Environ 400 000 animaux reproducteurs sont actuellement élevés dans les fermes. L'éventuelle circulation du SRAS-CoV-2 dans la population reproductrice continuera d'être surveillée dans les mois suivants par des examens cliniques et de laboratoire répétés.

Italie

Le SRAS-CoV-2 a été confirmé dans un élevage de visons avec 26600 animaux dans la province de Crémone, région de Lombardie le 10 août 2020. Après la détection d'un cas humain parmi les travailleurs de la ferme le 31 juillet 2020, 20 visons morts ont été testés, un a donné un résultat faiblement positif à la RT-PCR sans aucun résultat anatomopathologique. Tous les animaux de la ferme étaient en bon état de santé sans aucun signe suspect d'infection. Après ces premiers résultats positifs, une surveillance intensifiée a été menée dans l'ensemble de la ferme, qui comprenait deux inspections cliniques hebdomadaires dans chaque hangar, deux prélèvements hebdomadaires de 30 écouvillons oropharyngés et fécaux et des tests virologiques de tous les animaux morts. Au total, 1 124 tests ont été réalisés, conduisant à l'identification d'un autre résultat de RT-PCR faiblement positif à partir d'un prélèvement fécal le 10 octobre 2020. Dans les deux échantillons positifs, le matériel génétique était insuffisant pour effectuer l'analyse génétique du virus. Le 6 novembre 2020, un troisième cas faiblement positif de la même ferme a été confirmé dans un écouvillon fécal prélevé dans un hangar différent de celui donnant le résultat positif précédent. De plus, à cette occasion, aucun signe clinique d'infection ni de mortalité anormale n'a été observé. Sur la base du résultat du diagnostic, l'ensemble du troupeau a été abattu conformément à un arrêté ministériel qui prévoit la notification obligatoire des infections au SRAS-CoV-2 chez les mustélidés et la mise à mort et la destruction de tous les visons présents dans les troupeaux où la présence du SRAS -CoV-2 est confirmé en laboratoire. Le même arrêté prévoit également, par mesure de précaution, avant le 23 novembre, l'interdiction des activités d'élevage sur l'ensemble du territoire jusqu'à fin février 2021 prévoyant uniquement l'entretien des éleveurs sans aucune activité de reproduction. L'ordonnance a également introduit l'interdiction d'introduire de nouveaux animaux dans les élevages de visons et l'activation d'une surveillance renforcée dans les élevages de visons italiens sur la base de contrôles cliniques, de tests diagnostiques (sérologiques et virologiques) sur une base hebdomadaire et de l'application de mesures de biosécurité strictes. En février 2021, une évaluation des activités de surveillance menées sur le territoire national, également sur la base de l'évolution de la situation épidémiologique tant chez l'homme que chez l'animal, sera réalisée et il sera décidé de continuer à appliquer le mesures dans les mois à venir ou pour redémarrer l’activité de sélection).

Lituanie

Au 29 janvier 2021, le SRAS-CoV-2 a été confirmé dans deux fermes commerciales de visons en Lituanie. La première épidémie a été détectée dans une ferme avec 60.000 animaux dans le village Varpių, dans les municipalités de Jonava, situé dans le comté de Kaunas dans le centre de la Lituanie. Le 24 novembre, l'autorité vétérinaire locale a reçu une notification concernant une augmentation de la mortalité animale dans un élevage de visons (169 visons de tous les groupes d'âge ont été retrouvés morts, mais principalement de jeunes animaux). Dix échantillons ont été prélevés au hasard de vison mort et mis en commun dans des groupes de cinq dans l'alimentation nationale et de l'Institut vétérinaire d'évaluation des risques (SFVS). Les résultats étaient positifs pour le SRAS-CoV-2. Le 25 novembre, sur 155 visons trouvés morts, 22 échantillons supplémentaires ont été prélevés dans différentes cages avec des visons malades et ont été analysés individuellement par RT-PCR pour le SRAS-CoV-2. Le 26 novembre, tous les échantillons ont été testés positifs. La SFVS a lancé une enquête épidémiologique. D'après les informations préliminaires, il est fort probable que l'introduction du virus provienne d'un travailleur agricole. Le 24 novembre, un travailleur a été testé positif au SRAS-CoV-2, et cinq autres travailleurs agricoles ont ensuite été détectés positifs. La surveillance passive du COVID-19 est effectuée par le SFVS dans les élevages de visons. En plus de la surveillance passive, jusqu'au 26 novembre, 86 échantillons ont été prélevés sur des visons morts de tous les élevages de visons en Lituanie pour le dépistage du SRAS ‐ CoV ‐ 2 (un vison mort de chacun des 86 élevages de visons en Lituanie). Tous les échantillons, à l'exception de ceux prélevés dans la ferme infectée, ont donné des résultats négatifs. Le 30 décembre, une deuxième ferme, élevant 55 000 animaux, a été détectée infectée dans le village de Pavartyciu, situé dans la municipalité de Radviliškis, comté de Šiauliai. Dans le cadre de la surveillance passive et en raison de la détection du COVID-19 chez cinq travailleurs, cinq visons morts ont été prélevés et le SRAS-CoV-2 a été détecté chez quatre visons (OIE16).

Les Pays-Bas

Au total, 69 élevages de visons (sur 126) ont été signalés comme infectés par le SRAS-CoV-2 aux Pays-Bas, 44 dans la province de Noord Brabant, 23 dans la province du Limbourg et deux dans la province de Gelderland. Le premier foyer a été diagnostiqué le 24 avril 2020 et le dernier le 4 novembre 2020. Dans 29 exploitations (42%), le propriétaire a remarqué des signes cliniques et a signalé la suspicion à l'autorité compétente, tandis que 39 infections (57%) ont été détectées via le système d'alerte précoce (SAP) en place (obligation de tester les animaux morts chaque semaine). Une ferme (1%) a été détectée sur la base d'un lien humain avec une ferme précédemment infectée. Toutes les fermes infectées ont été inspectées par un vétérinaire officiel pour prélever des échantillons pour confirmation et seulement dans sept des 69 fermes (10%), aucun signe clinique d'infection par le SRAS-CoV-2 n'a été observé. Tous les animaux des fermes touchées ont été abattus. Une étude longitudinale sur les quatre premiers foyers a révélé que le virus circule efficacement chez le vison à la morbidité et la mortalité variables (Molenaar et al., 2020; Oreshkova et coll., 2020). Au moment de la rédaction de ce rapport, les voies de transmission ne sont toujours pas claires, bien que la transmission par des humains infectés explique la plupart des infections et, par conséquent, les enquêtes épidémiologiques visant à mieux comprendre les sources d'introduction du virus sont toujours en cours. Les informations disponibles indiquent au moins cinq introductions différentes par l'homme dans les élevages de visons (Oude Munnink et al., 2020b). De plus, une infection vison-humain a été démontrée et le pourcentage global d'humains infectés par le SRAS-CoV-2 présents dans les fermes de visons infectés était de 66%, où le virus humain est toujours génétiquement similaire à celui du vison (Oude Munnink et Al., 2020b). Par conséquent, les informations disponibles indiquent que la plupart des épidémies ont été causées par des humains (infectés) allant de ferme en ferme, mais en plus il y avait un fort regroupement spatial dont la voie de transmission n'a pas encore été élucidée. Vers la mi-Décembre, tous les visons ont été bombardés, ce qui implique que sont élevés aux Pays-Bas et aucune nouvelle infection se produira vison actuellement pas d'élevage. À l'origine, les Pays-Bas ont adopté une interdiction de l'élevage de la fourrure en 2012 qui éliminerait complètement la production de fourrure de vison d'ici 2024. À la suite des épidémies de coronavirus dans les fermes de visons, le gouvernement a déclaré un arrêt anticipé de l'industrie. Cela signifie qu'à partir du 8 janvier 2021, il n'est plus autorisé à garder des visons d'élevage aux Pays-Bas.

Pologne

Compte tenu des rapports d'infections au SRAS-CoV-2 chez le vison dans d'autres pays européens et de la forte incidence des infections humaines au SRAS-CoV-2 en Pologne, un échantillonnage privé et non officiel du SRAS-CoV-2 a été réalisé sur le vison dans une ferme située en Pologne. Voïvodie de Pomorskie, Pologne du Nord. Des prélèvements de gorge ont été prélevés sur 91 visons abattus pour écorchage le 17 novembre 2020. Dans le laboratoire de l'Université de médecine de Gdańsk, le SRAS-CoV-2 a été initialement identifié chez le vison d'élevage avec une prévalence de 16,5% (8,4 à 28,6%). À la suite des rapports des médias sur l'infection au COVID-19 dans l'élevage de visons, l'autorité d'inspection vétérinaire, l'Institut vétérinaire d'État de Puławy et l'Inspection sanitaire d'État (PIS) ont pris des mesures immédiates pour enquêter sur l'état de santé de la ferme, y compris des examens cliniques quotidiens du vison. à la ferme et prélever des échantillons pour les tests de laboratoire. À la suite de l'enquête mentionnée ci-dessus, les autorités de l'Inspection vétérinaire ont déclaré sans équivoque que: (i) les résultats des tests de laboratoire officiels ne montraient ni la présence de matériel génétique du SRAS-CoV-2 ni d'anticorps spécifiques contre ce virus dans les échantillons prélevés; (ii) le troupeau observé cliniquement ne présentait aucun symptôme pouvant indiquer une infection par le SRAS-CoV-2 chez les animaux; et (iii) des tests de diagnostic effectués par le PIS chez l'homme n'a pas confirmé l'infection par le SRAS-CoV-2 chez les personnes liées professionnellement à la ferme mentionnée ci-dessus. Les autorités d'inspection vétérinaire ont conclu que les rapports des médias sur la première confirmation de l'infection par le SRAS ‐ CoV ‐ 2 dans un élevage de visons publiés par l'Université de médecine de Gdańsk avaient été vérifiés négativement.

Slovénie

Un furet gardé comme animal de compagnie dans un foyer positif au COVID-19 a été confirmé comme étant positif au SRAS-CoV-2 par RT-PCR le 1er décembre 2020. L'animal présentait des signes gastro-intestinaux cliniques et la source de l'infection était le contact avec le COVID-19 positif. personnes (OIE13).

Espagne

Un élevage de visons dans la Communauté autonome d'Aragon et un dans la Communauté autonome de Galice sur 29 élevages du pays ont été signalés comme positifs au SRAS-CoV-2. Dès les premiers cas de SRAS ‐ CoV ‐ 2 signalés dans des élevages de visons aux Pays-Bas en avril, les mesures d'hygiène et de biosécurité dans les élevages de visons, ainsi que leur surveillance, ont été renforcées en Espagne. Au cours du premier mois, deux rapports de suspicions cliniques ont été reçus les 27 et 28 avril, provenant d'exploitations situées dans les provinces d'Ávila et de Guipúzcoa, les deux cas ont été écartés après analyse des échantillons en laboratoire. Au cours de la seconde quinzaine de mai, une épidémie humaine de COVID-19 a été détectée dans la province de Teruel. Certaines de ces personnes travaillaient dans une ferme de visons avec environ 19 500 adultes et 73 200 jeunes animaux. La ferme possède une usine d'aliments pour animaux, où est produite de la nourriture pour les animaux, ainsi que sa propre installation d'écorchage. Il s'agit de la seule ferme de visons de la Communauté autonome d'Aragon qui n'avait pas de liens épidémiologiques avec d'autres fermes de visons. Depuis que l'épidémie de COVID-19 a été signalée chez des personnes liées à la ferme, le 27 mai, des échantillons de poumon, de rate, de foie et d'intestin grêle de quatre visons de la ferme ont été analysés par RT-PCR et testés négatifs pour le SRAS-CoV- 2. Le 8 juin, des écouvillons oropharyngés et rectaux et des exsudats d'organes internes provenant de 20 animaux supplémentaires ont été prélevés. Un résultat peu concluant RT-PCR, dans un tampon oropharyngée seulement, a conduit à une collection en outre de l'échantillon à la ferme de vison. Le 22 juin, des échantillons d'écouvillons oropharyngés et rectaux prélevés sur 30 animaux vivants, ainsi que des échantillons d'écouvillon et de parenchyme pulmonaire de six animaux morts ont été prélevés. L'un des écouvillons oropharyngés a été testé positif pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR, et des échantillons de sept autres animaux ont donné des résultats non concluants (tous asymptomatiques). Le 7 juillet, des écouvillons oropharyngés et rectaux ont été prélevés sur 90 animaux vivants (30 adultes et 60 jeunes animaux); 86,67% des animaux ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR. Aucune mortalité ni aucun signe clinique compatible avec une infection par le SRAS-CoV-2 ou une baisse de la consommation d'aliments n'ont été observés au niveau des exploitations. Une politique d'abattage sanitaire dans la ferme, comprenant le nettoyage et la désinfection officiels des locaux après l'abattage, a été mise en œuvre. L'analyse génétique de la séquence complète de 34 virus et de la séquence du gène codant pour la protéine de pointe de quatre autres virus a révélé: i) la présence de la mutation D614G, qui définit le clade prédominant en Espagne et en Europe, dans la protéine de pointe; ii) l'absence de la mutation Y453F décrite dans le groupe 5, ainsi que le reste des changements qui définissent ce groupe qui sont apparus dans certaines des fermes de visons aux Pays-Bas; iii) la présence de la mutation N501T, qui est un site dans toutes les séquences analysées; il s'agit d'un site d'adaptation de l'hôte et de dérive antigénique qui fait partie du groupe de mutations qui ont été identifiées dans le récent variant viral britannique (N501Y); et iv) les mutations F486V et D796H ont toujours été identifiées ensemble dans 22 des 38 séquences; ces changements n'ont pas été identifiés dans la base de données GISAID dans les échantillons humains ou visons.

Le 19 Janvier 2021 une deuxième épidémie de SRAS-CoV-2 a été confirmé dans une ferme de vison en Galice, dans la commune de A Baña. La ferme comptait au total 3 100 animaux (2 500 femelles et 600 mâles) et tous ont été abattus quelques jours après la confirmation du foyer, en application des réglementations légales en vigueur et dans le but de préserver la santé publique. L'épidémie était suspectée depuis la mi-décembre lorsque, sur 20 écouvillons oropharyngés collectés le 10 décembre dans le cadre de la surveillance active en place, quatre ont donné des résultats positifs et trois n'étaient pas concluants pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR. Le 15 et le 18 Décembre, un 30 et 90 oropharyngés supplémentaires ont été prises respectivement, et tous ont donné des résultats négatifs par RT-PCR. Le 4 janvier 2021, 90 écouvillons oropharyngés ont été prélevés dont quatre ont donné un résultat non concluant par RT-PCR. Le 18 Janvier quatre échantillons ont été prélevés à partir du fumier de la ferme de vison et un échantillon ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR. Aucun signe clinique ni mortalité anormale n'ont été observés chez les animaux. L'origine de l'infection reste à l'étude, bien que les informations préliminaires montrent que le plus probable origine de l'introduction du virus dans la ferme pourrait s'été par deux travailleurs de l'exploitation. Les deux travailleurs, bien que n'ayant aucun signe clinique de SRAS-CoV-2 et étant négatifs à la PCR, ont été testés sérologiquement positifs pour les anticorps anti-SRAS-CoV-2 dans des échantillons prélevés le 11 décembre. Les résultats de l'analyse génétique ont révélé la présence de la mutation pD614G dans la protéine de pointe (dans quatre échantillons) et de N501T (dans un échantillon). Ni Y453F ni les autres mutations et délétions décrites dans l'isolat du groupe 5 n'ont été détectés. Ni la souche du Royaume-Uni VOC 202012/01, ni la souche sud-africaine 501Y.V2, ni la variante brésilienne incluse dans la lignée B.1.1.248 n'ont été détectées.

Le 22 janvier, un troisième foyer de SRAS-CoV-2 a été confirmé dans une ferme d'élevage de 1010 visons (800 femelles et 210 mâles) dans la commune de Navatalgordo, dans la région de Castille et León. Aucun signe d'infection par le SRAS-CoV-2 n'a été observé à la ferme. L'origine du virus reste sous enquête, bien que des informations préliminaires montrent que la source la plus probable aurait pu être le propriétaire de l'exploitation car il présentait des symptômes cliniques le 4 janvier et a donné un résultat positif par test antigénique le 8 janvier. propriétaire et deux travailleurs ont donné des résultats positifs pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR dans les échantillons prélevés le 14 Janvier 2021. l'analyse génétique des virus est en cours.

Des cas sporadiques ont également été enregistrés chez des furets dans la province de Ciudad Real, détectant l'ARN du SRAS-CoV-2 chez six furets sur 71 (8,4%) et isolant le virus d'un prélèvement rectal (Gortázar et al., 2021). Cela confirme que l'infection naturelle par le SRAS-CoV-2 se produit sporadiquement chez les furets élevés, au moins dans des circonstances de circulation virale élevée dans la population humaine. Cependant, aucun des 20 putois rééchantillonné 2 mois plus tard a été positif PCR, y compris une personne qui avait donné un résultat positif deux mois plus tôt. Par conséquent, les petites collections de furets sont probablement incapables de maintenir une circulation virale prolongée (Gortázar et al., 2021).

Suède

Le secteur suédois de la fourrure de vison est composé d'environ 35 fermes comptant au total 600 à 650 000 animaux. Dix-huit de ces fermes sont situées dans la municipalité de Sölvesborg, le comté de Blekinge, dans la partie sud-est du pays. De mai à juin 2020, un dialogue entre l'autorité compétente et les représentants du secteur suédois du vison a été engagé pour sensibiliser le public, garantir de meilleures pratiques de biosécurité à la ferme et accroître la vigilance face à l'augmentation de la morbidité et de la mortalité. Début octobre, étant donné l'absence de rapports de morbidité / mortalité dans les élevages de visons suédois, un programme de surveillance active, basé sur l'échantillonnage de jusqu'à cinq visons morts par exploitation et par semaine, a été lancé. Dans le cadre du programme, les visons trouvés morts ont été soumis à l'Institut vétérinaire national, SVA, à Uppsala, où ils ont été prélevés avec des écouvillons de la cavité buccale et du pharynx et analysés par RT-PCR. Le programme de surveillance était volontaire et organisé en étroite collaboration avec l'industrie. Entre la mi-octobre et la mi-novembre, la SVA a reçu 74 soumissions de visons morts, représentant entre 1 et 4 soumissions par ferme. Treize fermes ont donné des résultats positifs pour le SRAS-CoV-2. Toutes les fermes positives étaient situées à Sölvesborg, dans le comté de Blekinge, dans le sud-est du pays. Aucune des fermes positives n'avait signalé une augmentation de la morbidité ou de la mortalité avant d'être testée positive mais, rétrospectivement, une légère augmentation des mortalités quotidiennes a pu être observée dans les registres de plusieurs fermes.

Des restrictions de mouvement et des mesures de biosécurité strictes ont été imposées à tous les élevages de visons en Suède après la confirmation de la première exploitation touchée. Aucune des fermes touchées n'a été abattue. L'épidémie suédoise a coïncidé avec l'écorchage annuel, quand environ 80% des visons sont tués dans le cadre du cycle de production. Selon l'évaluation réalisée, l'abattage des exploitations touchées dans le cadre des mesures de lutte contre la maladie n'accélérerait pas le processus de réduction du nombre d'animaux sensibles par rapport à l'écorchage et à la mise à mort annuels, et ne contribuerait donc pas à une réduction significative du risque de propagation de la maladie. Le pelage a été effectué de la mi-novembre au début décembre, selon des recommandations strictes de biosécurité, afin de prévenir la transmission du SRAS-CoV-2 du vison à l'homme. Après l'écorchage, environ 90 000 animaux reproducteurs restent en Suède. La situation du SRAS-CoV-2 chez les visons restants fera l'objet d'un suivi supplémentaire à l'aide de la sérologie chez les animaux vivants, ainsi que de la RT-PCR sur un échantillon d'animaux trouvés morts.

Les séquences de l'homme et le vison des mêmes élevages de visons se regroupent en étroite collaboration, ce qui suggère au sein de la ferme à l'homme-vison et / ou transmission interhumaine-vison.

Tableau 1.
Données sur les foyers de SRAS ‐ CoV ‐ 2 dans les élevages de visons dans l'UE en 2020
De campagne Nombre d'élevages de visons dans le pays au moment de la première détection du virus SRAS ‐ CoV ‐ 2 Nombre d'élevages de visons infectés Date de la première et de la dernière détection du virus SRAS ‐ CoV ‐ 2 dans les élevages de visonsune Nombre de fermes où des signes cliniques du SRAS-CoV-2 ont été observés Source probable de l'origine du virusb
Danemark 1 147 290 15 juin au 7 décembre 145 Transmission interhumaine suspectée ou confirmée dans certaines foyers. Pas clair dans la plupart des éclosions
France 4 1 20 novembre 0 Indéterminé mais très probablement des humains à la ferme
Grèce 91 21 13 novembre au 8 janvier 8 Transmission interhumaine suspectée dans la plupart des éclosions
Italie 9 1 10 octobre 0 Transmission interhumaine
Lituanie 86 2 24 novembre 2 Transmission interhumaine
Pays-Bas 126 69 24 avril au 4 novembre 62 Transmission en partie de l'homme au vison et en partie incertaine, mais avec une forte composante spatiale
Espagne 29 3 22 juin au 22 janvier 0 Transmission interhumaine suspectée
Suède 35 13 23 octobre au 11 novembre Aucune informationc Transmission interhumaine
  • une

    Date de suspicion si disponible.

  • b

    Source possible selon les États membres.

  • c

    Aucun signe clinique n'a été observé, seulement rétrospectivement une légère augmentation de la mortalité journalière a été notée dans plusieurs des fermes infectées.

  • Boklund et coll. (2021) rapportent que sur 207 foyers inspectés, 62 animaux présentaient des signes cliniques d'infection par le SRAS-CoV-2.

3.2.2 Détections de virus SARS-CoV-2 en dehors de l'UE / EEE et du Royaume-Uni chez les mustélidés

Depuis le 29 janvier 2021, hors d'Europe, le virus SRAS-CoV-2 a été détecté chez le vison d'Amérique au Canada et aux États-Unis.

Canada

Depuis le 29 janvier 2021, le SRAS-CoV-2 a été détecté dans deux fermes de visons au Canada. Le 8 décembre, le SRAS-CoV-2 a été confirmé dans un élevage de visons élevant 15000 animaux en Colombie-Britannique. Le 3 décembre, les travailleurs de l'élevage de visons ont été diagnostiqués positifs au COVID-19. Lors de l'échantillonnage des visons, le 4 décembre, les animaux ne présentaient aucun signe d'infection, mais une mortalité accrue (1%) a été observée dans les jours suivant l'échantillonnage. La transmission interhumaine a été suspectée comme introduction de l'infection dans les élevages de visons (OIE17). Le 23 décembre, une deuxième éclosion a été confirmée dans une ferme d'élevage de 950 visons en Colombie-Britannique. Des échantillons ont été prélevés le 21 décembre car les animaux présentaient des signes cliniques de diarrhée et une mortalité accrue (3%). Les premiers tests n'ont révélé aucun signe d'infection humaine par le SRAS-CoV-2 chez les travailleurs agricoles. La source de l'épidémie fait toujours l'objet d'une enquête. Dans les deux fermes, les animaux ont été euthanasiés et congelés pour être pelés (OIE18).

États-Unis

Depuis le 29 janvier 2021, le Service d'inspection de la santé animale et végétale du Département de l'agriculture des États-Unis (USDA-APHIS) a confirmé 16 foyers de SRAS-CoV-2 dans des élevages de visons aux États-Unis (APHIS USDA, 2020a), 11 dans l'Utah, 2 dans le Wisconsin, 2 dans le Michigan et 1 dans l'Oregon. La première détection a eu lieu dans l'Utah et, selon l'OIE,19 l'épidémie a commencé le 26 juillet; le dernier foyer dans un élevage de visons a été détecté dans l'Oregon et a commencé le 22 octobre (OIE20). Au total, 177357 animaux ont été élevés dans ces fermes et 16130 sont morts des suites d'une infection (OIE20). Parce que certains travailleurs sur ces fermes avaient Covid-19, il est probable que les travailleurs infectés agricoles étaient la source initiale des infections de vison (USDA APHIS, 2020a).

Le 13 décembre, l'USDA a communiqué la première détection du virus SARS ‐ CoV ‐ 2 chez un vison d'Amérique vivant en liberté. L'animal a été piégé dans le cadre des activités de surveillance menées autour d'une ferme infectée dans l'Utah. L'animal a été confirmé par des tests génétiques comme étant un vison sauvage et non un vison d'élevage échappé.


Messages clé:

  • Les signes cliniques du SRAS-CoV-2 chez le vison / mustélidés sont souvent non spécifiques et présente seulement dans une proportion variable des épidémies. Ils peuvent inclure une mortalité accrue, des signes respiratoires légers, une légère baisse de la consommation alimentaire et parfois des signes gastro-intestinaux légers.
  • Différentes stratégies de surveillance ont conduit à la détection des élevages de visons infectés par le SRAS-CoV-2. Une partie des exploitations infectées a été détectée par surveillance passive, c'est-à-dire (i) l'éleveur a remarqué et signalé des signes cliniques ou des anomalies dans les paramètres de production (ingestion d'aliments, mortalité, etc.); (ii) une autre proportion a été détectée après qu'une suspicion ait été soulevée en raison d'un lien épidémiologique avec l'infection par le SRAS-CoV-2 chez l'homme (travailleurs / propriétaires); (iii) une surveillance active (échantillonnage et test actifs des animaux) était nécessaire pour détecter le reste des fermes infectées. According to the epidemiological situation, a different proportion of infected farms was detected by each of these monitoring strategies at country level, e.g. the epidemiological link to human cases led to detection of one out of 69 outbreaks (1.4%) in the Netherlands, and to 57 out 226 outbreaks (25%) in Denmark.
  • In most cases, the likely introduction of SARS‐CoV‐2 infection into farms was suspected to be infected humans. Additional sequence analysis can help in identifying mink farm clusters and mink variants, suggesting or ruling out within‐farm human‐to-mink, mink‐to-mink and/or mink‐to-human transmission.

3.2.3 Genetic analysis of SARS‐CoV‐2 in mustelids

To date, published genetic data on SARS‐CoV‐2 from mustelids are very scarce and limited to that reported in two studies from the Netherlands and Denmark, respectively, investigating possible transmission between mink and humans (Hammer et al., 2020; Oude Munnink et al., 2020b), and one national report describing the evolution of the SARS‐CoV‐2 epidemic in mink in Denmark (Boklund et al., 2020). The strains from the Netherlands and Denmark are not closely related and fall into different genetic clades, which excludes a direct link between farms in the two affected countries (ECDC, 2020a). However, in both countries, SARS‐CoV‐2 strains related to mink farms fall into some separate clusters, suggesting several introductions from humans to mink, followed by transmission chains from farm to farm. The mutation Y453F in the receptor‐binding domain (RBD) of the spike protein, suggested as an adaptation of the virus to mink, has been observed in many of the SARS‐CoV‐2 strains in both countries, independently of the clustering (ECDC, 2020a; Oude Munnink et al., 2020b; Welkers et al., 2020). This mutation has also been observed in SARS‐CoV‐2 strains associated with mink in, e.g. Greece and Sweden. However the Y453F has also been observed in human cases not related to mink (e.g. South Africa, Belarus, Russia, Switzerland).

In September 2020 in North Jutland, Denmark, a variant referred to as Cluster 5 was detected in five mink farms and in 12 human cases. This Cluster 5 variant contains four mutations (Y453F, I692V, M1229I, S1147L), and one deletion (69–70 del) in the S protein.20

The deletion of two amino acids (AAs; 69–70) in the S protein is not present in any of the mink strains from the Netherlands, but has been widely reported in human cases unrelated to mink without Y453F.21

Due to its characteristics, and the role of S protein in the virus, i.e. host–cell interaction, it has been hypothesised that the Cluster 5 variant may affect the immune response, probability of reinfection, vaccine efficacy and treatment with convalescent plasma (ECDC, 2020a; Mallapaty, 2020) and may have an increased binding affinity to the human angiotensin‐converting enzyme 2 (ACE2) receptor. However, scattered information is only available so far and it is not possible to infer any definitive conclusion. Therefore, along with the lineage B.1.1.7, the Cluster 5 variant would merit a mutation surveillance effort (Genomics UK Consortium, 2020).

In conclusion, it is envisaged to monitor the genetic characteristics of virus from all infected mink farms to evaluate the progression of the evolution of the virus, which seems to find in mink a suitable model to evolve and to ascertain that variants of public health concern, such as the Cluster 5, are not circulating.

3.2.4 Susceptibility of mustelids and other animals to SARS‐CoV‐2

Information on susceptibility to SARS‐CoV‐2 in animals is reported in Section 3.3.2.

3.2.5 Pathogenesis, clinical signs and immune response

SARS‐CoV‐2 is an enveloped beta‐coronavirus sharing 79% genome sequence identity with SARS‐CoV and 96.2% with bat coronavirus RatG13 (Yan et al., 2020). The viral envelope is coated by spike (S) glycoprotein, envelope (E) and membrane (M) proteins. The S protein is composed of two subunits, S1 and S2. The S1 subunit comprises an amino‐terminal domain and a RBD (Xiao et al., 2003; Babcock et al., 2004; Wong et al., 2004). The RBD is the ligand for the cellular receptor ACE2. The S2 subunit is characterised by a fusion peptide (FP) region, which is involved in the release of the viral genome into the host cell cytoplasm (Liu et al., 2004).

The multiple sequence alignments of ACE2 revealed high homology and high conservation in the binding region among different animal species. It has been shown that the 3D structure of human and mink ACE2 is highly conserved and that the binding region of mink ACE2 complements perfectly the SARS‐CoV‐2 ligand (Hayashi et al., 2020). In addition, ACE2 is most abundantly expressed on type II alveolar and glandular epithelial cells in the trachea and bronchi of ferrets (Van den Brand et al., 2008).

Ferrets (Mustela putorius furo) have been shown to be a suitable model for the pathogenicity of SARS‐CoV‐2 (Johansen et al., 2020; Muñoz‐Fontela et al., 2020). Natural infection can occur, presumably after contact with infected humans.13 In experimental infections, ferrets are highly susceptible to SARS‐CoV‐2, with efficient virus replication especially occurring in nasal turbinates, soft palate and tonsils. Following mucosal exposure to SARS‐CoV‐2, clinical signs are generally absent or mild. When clinical signs are observed, these are characterised by lethargy, nasal discharge, wheezing, sneezing and loose stools. In some cases, mild lymphopenia and neutrophilia have also been observed. Virus replication occurs in the upper respiratory tract as soon as 2 days after infection and lasts for few days after infection (Schlottau et al., 2020; Shi et al., 2020). Virus replication in ferrets appears to be restricted to the respiratory and gastrointestinal tracts.

American mink is the other species belonging to the family Mustelidae known to be susceptible to SARS‐CoV‐2.

Pathogenesis in mink is largely unknown and mostly limited to information from studies evaluating natural infections in farmed mink (Hammer et al., 2020; Molenaar et al., 2020; Oreshkova et al., 2020; Oude Munnink et al., 2020). The available information demonstrates that SARS‐CoV‐2 can replicate efficiently in the upper and lower respiratory tracts of mink and that host–pathogen interaction resembles that observed in humans and other susceptible animals.

Infection in mink has been associated most commonly to the observation of a reduced feed intake, followed by respiratory signs, nasal discharge and sneezing. Increased mortality in a small percentage of adult mink was reported in different outbreaks in the EU. Post‐mortem analyses revealed signs of pneumonia with lung lobes swollen, dark red and without any tendency to collapse. A few animals showed free blood in the upper respiratory tract.

Histological findings of tissues from deceased animals revealed interstitial pneumonia, multifocal areas with thickening and degeneration of alveolar septa with type II pneumocyte proliferation and diffuse alveolar damage. Alveolar lumina were filled with inflammatory leucocytes and desquamated cells. The epithelial cells of bronchioles in affected areas showed severe necrosis and formation of syncytial cells. Trachea showed loss of cilia with swollen epithelial cells. Nasal conchae showed multifocal swelling and degeneration of epithelial cells with diffuse loss of cilia.

The presence of SARS‐CoV‐2 antigen was found in nasal conchae, trachea, bronchioles and alveolar epithelial cells (Molenaar et al., 2020).

Very recently, results from an experimental infection in mink were reported (Shuai et al., 2020). Mink were inoculated intranasally and killed 4 days afterwards. Viral RNA was detected in the nasal washes and from the ear swabs and rectal swabs of two animals. Infectious virus was detected in the nasal washes, but not from the conchae swabs or rectal swabs of any animals at any time. Viral RNA was detected in the nasal turbinates, soft palates, tonsils, all lung lobes and submaxillary lymph nodes, in the trachea and in the ileum, but was not detected in heart, kidneys, spleen, liver, pancreas and brain. Virus was detected to a lesser degree in most viral RNA‐positive samples. The respiratory tract of the virus‐inoculated mink was severely compromised, with mucinous‐purulent secretion, containing neutrophil debris and mucus, inflammatory infiltrates, epithelial degeneration and necrosis.

SARS‐CoV‐2 nucleoprotein antigen was verified in nasal mucinous‐purulent secretions, in the epithelium of the nasal mucosa of the vestibular region, respiratory region and olfactory region and that of the tracheal mucosa, suggesting an involvement of nasal secretion in transmission and olfactory function impairment, as also observed in humans (Luers et al., 2020).

The above‐mentioned results, along with those described in natural outbreaks, demonstrate that the host‐pathogen interaction of SARS‐CoV‐2 in mink and ferret resembles that observed in humans.

Symptomatic SARS‐CoV‐2 infections in humans in fact, can progress in the more severe cases in acute respiratory distress syndrome (ARDS) (McGonagle et al., 2020). Viral infection and replication can cause virus linked pyroptosis and vascular leakage. Pyroptosis is a highly inflammatory form of programmed cell death that triggers inflammation with the recruitment of cells and the production of pro‐inflammatory cytokines and chemokines IL‐1β, IL‐6, IFN‐γ, MCP1 and IP‐10, which in turn prime T and B lymphocytes evoking an adaptive immune response. This response is effective in controlling and resolving the infection, but in some cases, an uncontrolled immune response occurs with the release of a cytokine storm that causes severe tissues damage and multi‐organ failure (Tay et al., 2020).


Key messages:

  • American mink and ferret are highly susceptible to SARS‐CoV‐2, but no information is available for other mustelid species. In general, more information is required to have a deeper understanding of the host–pathogen interaction for all mustelid species.
  • Pathogenesis in mink and ferret resembles that observed in humans. Virus replication occurs mainly in the respiratory tract with only minor involvement of the digestive tract. The duration of virus excretion seems to be limited to a few days.
  • Mustelinae and especially ferrets (due to their suitability as laboratory animal) can play a useful role as preclinical animal model to test diagnostic, therapeutic and prophylactic approaches for SARS‐CoV‐2 infection, to be further developed for public health purpose.

3.2.6 Infection dynamics and transmission routes

As described in Section 3.3.2, some animal species are susceptible to SARS‐CoV‐2 and have the capacity to transmit the virus as shown by experimental or natural infections (Freuling et al., 2020; Schlottau et al., 2020). However, to date significant between‐animal spread in field settings has only been described for farmed mink.

The high animal density that is present in a typical mink farm (generally 5,000–20,000 animals), provides ideal conditions for viral transmission (Hobbs and Reid, 2020). Once introduced, usually by infected humans as suggested also by outbreak investigations in the affected MSs (Section 3.2.1), SARS‐CoV‐2 appears to spread efficiently among the animals within the farm, as indicated by high prevalence of antibody and PCR‐positive animals (commonly up to 100%) detected in affected farms, in which in‐depth investigations have been carried out (Hammer et al., 2020; Oreshkova et al., 2020). In mink, the virus can be found in secretions from the respiratory tract and in faeces (Shuai et al., 2020; Boklund et al., 2021). Extensive virus replication also results in local environmental contamination as shown by detection of virus RNA in air and dust samples collected within (but not outside) the affected premises (Hammer et al., 2020), as observed in the epidemics occurred in mink farms in the Netherlands (Oreshkova et al., 2020). Also, in Denmark, viral RNA has been identified 2–3 metres from mink in two out of eight infected mink farms, while there was no detection beyond 3 metres from the mink in any of the 17 farms where samples were collected in this distance (Boklund et al., 2021). In the Netherlands, viral RNA was observed in the inhalable dust in mink farms and outside, close to the entrance, but not outside the premises of infected mink farms (de Rooij et al., 2021). This indicates that SARS‐CoV‐2 could be transmitted between animals mainly by direct or close contact via infectious droplets and aerosols, but also via indirect contact via feed or bedding, or in air dust containing faecal matter up to short distance (few metres). Additionally, experimentally transmission was shown in ferrets via air flow between cages (Richard et al., 2020). Further investigation under field conditions is needed to confirm this transmission pathway. Experience from affected MSs demonstrates that once SARS‐CoV‐2 has been introduced into an area with high density of mink farms, farm‐to‐farm transmission is likely to occur, despite enhanced biosecurity implemented to halt the spread (Boklund et al., 2020; Oude Munnink et al., 2020b). The possible transmission chain probably starts with the introduction of the virus into a farm through infected personnel, then it can quickly spread through the animal population, further personnel may acquire the infection from animals and transmit this further to other farms. SARS‐CoV‐2 has been detected in other susceptible animals, such as cats (Boklund et al., 2021), although evidence for transmission through this pathway is lacking up to date.

Although virus RNA has to date only been found within infected premises, and not outside (de Rooij et al., 2021), aerosol spread can be considered as a possible pathway for between‐farm transmission. In the Netherlands, whole genome sequencing indicated that five different virus clusters were circulating, two of which remained limited to a single farm. Markedly, each of these five clusters had been detected by June and no new clusters were seen in mink farms even though SARS‐CoV‐2 outbreaks were observed until 4 November. In addition, virus from these five clusters has only been observed in mink and persons associated with mink farms, not in any other person, even though efforts have been made to sequence samples from people living in the neighbourhood of mink farms. This suggests between‐farm transmission of SARS‐CoV‐2 virus in the Dutch situation, either through people associated with mink farms or some other unknown mechanisms. A strong spatial clustering of infected farms was observed in Denmark as well as in the Netherlands.

To date, however, the main routes of between farm transmissions remain unknown. From the experience gathered in Denmark and in the Netherlands (Boklund et al., 2021, Fischer et al., in preparation), the only risk factor identified is short distance to the nearest SARS‐CoV‐2 positive farm and in Denmark also large farm size (Boklund et al., 2021). This pattern of close proximity between affected farms was observed also during the epidemics of porcine epidemic diarrhoea (PED) caused by another coronavirus with a certain ability to survive in the environment, particularly during cold seasons, in the US and Japan in 2013–2014. Despite high biosecurity measures in place the spread could not be halted (Alvarez et al., 2016; Sasaki et al., 2017).


Key messages:

  • Once introduced in a mink farm, SARS‐CoV‐2 spreads efficiently within the farm from animal to animal through transmission by direct contact and indirect contact such as air droplets, dust particles, aerosols and fomites.
  • Viral RNA can be found close to infected animals but not outside infected farms.
  • Large mink farms with high animal density provide ideal conditions for SARS‐CoV‐2 replication and transmission, therefore increasing the risk of virus evolution.
  • In areas with high density of mink farms, between‐farm spread is likely to occur once SARS‐CoV‐2 is introduced.
  • Mechanisms for between‐farm spread are largely unknown to date, although transmission through humans probably contributed to the observed farm‐to-farm spread. The only other risk factors identified for between‐farm transmission are short distance to the nearest SARS‐CoV‐2 positive farm and in Denmark also large farm size.
  • Several other between‐farm transmission routes have been investigated including different animal species, domestic or wild animals. These may be involved in transmission of SARS‐CoV‐2 between farms, although this hypothesis should be confirmed.